Ferdinand de Lesseps sinh ngày 19 tháng 11 năm 1805, trong một gia đình nòi giống làm chính khách ngoại giao của nước Pháp. Từ giữa thế kỷ 18, tổ tiên của ông đã làm nghề chính khách: Bác ruột của ông là một quý tộc dưới triều vua Louis XVI. Bố của ông, Mathieu de Lesseps, từng là cận thần của vua Napoleon Bonaparte.

Nguồn gốc xa xưa nhất của gia tộc Lesseps được biết đến là vào cuối thế kỷ 14. Tổ tiên của ông, được cho là gốc từ Scotland sang định cư tại vùng Bayonne (miền Tây Nam nước Pháp) lúc đó thuộc quyền cai trị của người Anh. Cụ tổ của Ferdinand, là Pierre de Lesseps (1690-1759), con trai của Bertrand Lesseps (1649 - 1708), từng là thư ký thành phố Bayonne và có thời là thư ký riêng của hoàng thái hậu Anne xứ Neuberg, vợ vua Carlos II của Tây Ban Nha. Ferdinand de Lesseps được sinh ra tại Versailles tỉnh Yvelines, cha là Mathieu de Lesseps (1774-1832) và mẹ là Catherine de Grévigné (1774-1853). Ông có chị gái là Adelaide de Lesseps (1803-1879), và hai anh em trai: Theodore de Lesseps (1802-1874), Jules de Lesseps (1809-1887). Thuở nhỏ, ông được theo gia đình sang sống ở Italy, nơi bố của ông được bổ nhiệm làm lãnh sự. Sau đó, ông được theo học tại trường Cao đẳng mang tên Henry IV ở Paris. Những năm 1823-1825, khi mới 18-20 tuổi, ông đã là sĩ quan quân đội Pháp. Ferdinand De Lesseps, khi trưởng thành, cũng được hướng theo nghề nghiệp ngoại giao truyền thống của gia đình.